Al llegar a Yolco, Jasón y Medea planearon la venganza por la muerte de Esón, el rey justo, padre de Jasón, al que había ejecutado Pelias. Medea convenció a las hijas de éste de que le convertiría en un hombre joven mediante un encantamiento, pero que para prepararlo para el rejuvenecimiento primero debían cortarlo y cocinarlo. Las hijas de Pelias accedieron al plan, mataron a su padre y cocinaron su cuerpo en trozos, y entonces Medea les mostró el engaño.
A pesar de la muerte del usurpador, Jasón no pudo ocupar el trono de su padre, porque la forma en había muerto Pelias causó tal escándalo que Medea y él se vieron obligados a huir de Yolco. Fueron al Peloponeso y se establecieron en Corinto, donde tuvieron varios hijos.
Muchos años después, el rey de Corinto, Creonte, ofreció a Jasón el matrimonio con su hija por razones políticas, Jasón le propuso a Medea que se divorciasen y que emprendiera el exilio voluntariamente, pero Medea se enfureció ante semejante traición, envió unas túnicas envenenadas a Creonte y a su hija, futura esposa de Jasón, y ambos murieron entre terribles dolores.

En Atenas, Medea se casó con el rey Egeo, padre del héroe Teseo, y tuvo un hijo, Medo. Medea quería que sucediera a su padre en el trono, y cuando Teseo, legítimo heredero de Egeo, llegó a la ciudad de vuelta de Trecén, Medea adivinó enseguida quien era e intentó deshacerse de él antes de que mostrase las señales de reconocimiento con las que debía revelar su identidad a su padre.
Medea convenció al rey de que el recién llegado, cuyas proezas camino a Atenas ya le habían granjeado la fama, quería deponerle y planearon juntos asesinar a Teseo en un banquete que le ofrecería para celebrar que había capturado el toro salvaje de Maratón.
Medea puso veneno en el vino de Teseo, pero cuando el héroe estaba a punto de tomarlo Egeo lo reconoció y derribó la copa. Al comprender la motivación de su esposa, la desterró para siempre de su reino y también a sus hijos.
Según ciertas versiones, después de morir, la hechicera fue a las Islas de los Bienaventurados, donde se casó con Aquiles, el gran héroe griego muerto en la Guerra de Troya.