Cuando el Argo llegó a Lemnos, el primer puerto de la travesía, Jasón vio que no había hombres en la isla: las isleñas los habían matado a todos cuando tomaron concubinas porque, según aseguraban los hombres, sus esposas apestaban. Invitaron a los Argonautas a los que simplemente contaron que los isleños habían tenido que huir, a que se quedaran varios meses para repoblarla. La reina Hipsípila, se emparejó con Jasón y tuvo gemelos.
Los Argonautas fueron después a Cicico, cuyo rey los recibió bien, y Heracles limpió la isla de gigantes, pero su estancia acabó con un penoso incidente. Cuando el Argo levó anclas, una tempestad lo devolvió a la orilla aquella misma noche. Creyendo que los atacaban unos piratas, los isleños abordaron el navío y los Argonautas los asesinaron, ignorantes de la identidad de los atacantes. Al descubrirse la verdad, Jasón ordenó que se celebrasen juegos funerarios en honor de los anfitriones.
En el país de los Bébrices, siguiente punto en la ruta del Argo, reinaba Amico, hijo de Poseidón, que desafiaba a los forasteros a un combate de boxeo mortal. El hombre más fuerte sobre la tierra, Heracles, se había quedado atrás, camino de Cicico, pero Amigo encontró digno rival en Polideuces, que aceptó el reto y le dio muerte.
Los Argonautas continuaron y cerca del Mar Negro se encontraron con Fineo, un anciano ciego continuamente atormentado por las Harpías, monstruos con cara de vieja y cuerpo y garras de ave que le arrebataban la comida o defecaban sobre ella. Zetes y Calais las espantaron y, agradecido, Fineo le dio a Jasón valiosas indicaciones para el viaje.
En este punto, el camino quedaba interrumpido por las Simplégades, dos enormes rocas móviles cercanas al Mar Negro que chocaban entre sí como címbalos y no permitía el paso de los navíos. Fineo había aconsejado a los Argonautas que enviaran una paloma por delante del barco, pues si el ave lograba atravesar el angosto paraje, ellos también lo harían. Como la paloma lo franqueó y sólo perdió las plumas de la cola, el Argo siguió navegando, con la ayuda de Atenea y Hera, pero perdió al timonel, Tifis, y después las rocas quedaron inmóviles para siempre.
El Argo subió por el río Fasis y arribó al fin a Cólquide, la tierra del Vellocino de Oro. El rey Eetes dijo que lo entregaría si Jasón realizaba una serie de tareas: uncir a sus bueyes, que tenían pezuñas de bronce y escupían fuego, arar con ellos unos campos plantar dientes de dragón y matar a los gigantes que nacerían de ellos. Los dioses hicieron que Medea, la hechicera hija de Eetes, se enamorara de Jasón, y ella le dio unas pociones mágicas con las que el héroe llevó a cabo las tareas impuestas. Se apoderó del Vellocino después de que Medea hubiera hechizado al dragón que lo protegía, y cuando los Argonautas escapaban de Cólquide, Medea retrasó a Eetes y sus hombres, que los perseguían, asesinando a su propio hermano, Apsirto. Después lo desmembró y arrojó los restos por la borda del Argo.
Existen múltiples versiones sobre la larga travesía de regreso del Argo a Yolco. Entre las muchas aventuras destaca el episodio en el que Medea hechiza y destruye a un gigante de bronce llamado Talos, que solo tenía un punto débil, el talón, del que partía la única vena de su cuerpo. También se cuenta que el navío recorrió el Danubio y que encalló en los bancos de arena de Sirtes, en Libia. Los tripulantes tuvieron que cargar el Argo sobre sus espaldas durante doce días. Jasón y Medea fueron a ver a Circe, la bruja de La Odisea y tía de Medea, que los purificó ritualmente por el asesinato de Apsirto, y también se toparon con otros monstruos de La Odisea antes de llegar a Yolco.